Depois de perder para Walpurgisnacht, Homura Akemi usa seu poder para voltar no tempo até antes de Madoka Kaname se tornar uma garota mágica, só que dessa vez Madoka se lembra de tudo o que viveram na linha temporal anterior. Juntas, elas planejam salvar Mami Tomoe, Sayaka Miki e Kyouko Sakura do destino que já as destruiu uma vez. Kyuubey também guarda as lembranças e trabalha em silêncio para levar Madoka de volta ao contrato que Homura tenta evitar.