O uso pelo Brasil do feitiço de classe estratégica Synchroliner Fusion na América do Sul provoca uma onda de agitação que chega até o Japão bem quando o novo ano letivo começa. Já no terceiro ano na First High, Tatsuya e Miyuki Shiba observam o sentimento antimago crescer enquanto os jovens herdeiros das Vinte e Oito Famílias se reúnem em Yokohama para decidir uma resposta, e uma ameaça mais imediata se concentra ao largo da ilha de Sado. Mais perto de casa, a melhor aluna do primeiro ano, Shiina Mitsuya, da família Mitsuya dos Dez Clãs Mestres, desaparece, e seu amigo de infância do Curso 2, Saburou Yaguruma, entra na busca.