O capitão Gorou Etajima e o cozinheiro Hajime Tokushima partem a bordo de um submarino para resgatar um jornalista americano sequestrado no mar de Avion, uma área da Região Especial dividida entre estados insulares rivais e frotas piratas. Esta adaptação da light novel sequência de Gate acompanha o braço naval das Forças de Autodefesa do Japão por uma parte do mundo alternativo que a história original nunca explorou. Tensões diplomáticas e rivalidades antigas complicam o resgate à medida que a tripulação atravessa águas contestadas.