Alita retorna a Marte pela primeira vez em séculos após os eventos de Last Order, enquanto capítulos em flashback exploram sua infância esquecida no planeta como uma jovem ciborgue chamada Yoko, lutando para sobreviver em meio às antigas guerras marcianas. Ambientado em duas linhas do tempo separadas por trezentos anos, este mangá preenche a história que a própria Alita não se lembra, mostrando como uma órfã de guerra em Marte se tornou a lutadora que o Dr. Ido encontraria depois na Terra. É a terceira obra principal da série Battle Angel Alita.