Sora, Pato Donald e Pateta saem em busca de Riku e do Rei Mickey, desaparecidos depois de selarem a porta para Kingdom Hearts, e a busca os leva ao Castelo do Esquecimento, uma fortaleza onde memórias podem ser criadas, reescritas ou apagadas à vontade. Sora sobe andar por andar enquanto membros da misteriosa Organização XIII, incluindo Marluxia e Vexen, usam as próprias memórias dele contra ele. Este mangá adapta o videogame de mesmo nome.