Mais de um ano depois do surto zumbi provocado pelos Army Ants, as cidades do Japão estão desertas e tomadas pelos infectados. Chiyuri Haijima, abandonada quando criança e vivendo entre os moradores de rua de um parque público, perde até essa vida frágil por causa do que sobrou da caçada a Arachnid. Dizem a ela que o surto só pode ser contido se levar sua nova amiga Setsuna Dinoponera até Alice Fujii, a próxima chefe da Organização, e a garota atravessa as ruínas com ela enquanto outros membros da Organização tramam para manter Alice sem informação. Esta sequência se passa no mesmo mundo de Arachnid.