Em pleno período Sengoku, o senhor samurai Daigo Kagemitsu faz um pacto com 48 demônios: em troca de poder para conquistar a região, oferece partes do corpo do filho que ainda nem nasceu. O bebê vem ao mundo sem quase nenhuma dessas partes e é abandonado, até ser encontrado por um curandeiro que o cria, dá a ele próteses e o nome de Hyakkimaru. Já rapaz, Hyakkimaru parte pelo caminho ao lado de Dororo, um jovem ladrão órfão e cheio de atitude, caçando os demônios um a um para reaver o que tiraram do seu corpo. Este mangá reconta o Dororo original para uma nova geração de leitores.