Dez anos depois do fim da guerra entre os clãs ninja Iga e Kouga, espera-se que os dois lados finalmente se unam por meio do casamento de seus sucessores escolhidos: Hachirou, do clã Kouga, e Hibiki, do clã Iga. Os dois cresceram sabendo que esse compromisso viria, mas facções dentro de cada clã começam a se mover para sabotá-lo antes que aconteça. Este mangá adapta o romance que dá sequência a Basilisk: The Kouga Ninja Scrolls e acompanha Hachirou e Hibiki enquanto a paz combinada entre suas famílias é ameaçada de dentro dos próprios clãs.