Na Cidade Acadêmica, Touma Kamijou decide passar a véspera de Natal com a esper Mikoto Misaka, sem saber que alguém observa de perto cada movimento dos dois. Enquanto isso, o recém-nomeado presidente do conselho da cidade, Accelerator, coloca em ação um plano que ameaça derrubar toda a estrutura de poder do lugar. Com isso vêm à tona inimigos que até então tinham ficado escondidos. Genesis Testament retoma a história de onde as light novels de New Testament pararam, acompanhando Touma, Accelerator e o nível 0 Shiage Hamazura enquanto novas rachaduras se abrem pela cidade.