O Contratante conhecido como Hei retorna a Tóquio ao lado de sua parceira Yin para investigar uma nova ameaça: uma flor chamada Dente-de-leão Negro que concede poderes de Contratante a quem a toca. A policial Misaki Kirihara reabre a caçada ao esquivo BK201 enquanto o rastro da flor leva a um homem chamado Harvest, empurrando Hei de volta às sombras das quais tentara escapar. Este mangá dá continuidade à história da série original de Darker than Black.