Quando Flora, guardiã do lendário Jardim de Rosas Cure, as convoca, Nozomi Yumehara e as outras Pretty Cure recuperam seus poderes para uma nova missão: chegar ao Jardim com o Pacto das Rosas, o que exige encontrar e libertar os governantes de quatro reinos vizinhos ao de Palmier. Do outro lado está a Eternal, organização que acumula tesouros mágicos de outros mundos e quer o Pacto para si. Uma sexta guerreira misteriosa, Milky Rose, se junta ao grupo conforme a busca se amplia. Esta continuação direta retoma as mesmas cinco heroínas do primeiro Yes! Pretty Cure 5 num conflito ainda maior.