Ao ver uma garota voando de vassoura, Mirai Asahina, uma aluna comum do ensino fundamental, a segue até o Mundo Mágico, onde a aprendiz de bruxa Liko Izayoi procura a lendária Pedra Linkle Esmeralda. Quando um capanga do Feiticeiro das Trevas Dokurokushe as ataca, os pingentes idênticos que as duas carregam despertam e as transformam nas Witchy Pretty Cure. Guiadas por Mofurun, um ursinho de pelúcia vivo, Mirai e Liko passam a aprender magia juntas para impedir o avanço do Caos Sem Fim de Dokurokushe.