Sora Harewataru, uma garota esforçada do reino mágico de Skyland que admira a heroína capitã Shalala, persegue Kabaton, do Império Undergu, através de um portal depois que ele sequestra a bebê princesa Ellee. Sora acaba caindo com ela na Terra, na cidade de Sorashido. Quando Kabaton ataca de novo, o poder de Ellee transforma Sora em Cure Sky, e Mashiro Nijigaoka, Tsubasa Yuunagi e Ageha Hijiri entram na luta como novos Pretty Cures, enquanto a avó de Mashiro procura um jeito de voltar a Skyland. A frase de Sora, 'Chegou a hora do herói!', motiva o time enquanto protegem Ellee das forças do Império.