Casos estranhos se acumulam em Tóquio, e os Ladrões Fantasma acabam no meio de todos eles. Ren Amamiya entra no segundo ano da Academia Shujin, desperta sua Persona depois de um incidente e monta o grupo com Ryuji Sakamoto, Ann Takamaki e o gato falante Morgana, que roubam os desejos distorcidos de adultos corruptos. As histórias originais deste mangá vão do envenenamento de um presidente de empresa a uma clínica suspeita e a um pedido esquisito numa loja de artigos militares, sempre com o detetive Goro Akechi por perto.