Phoenix Wright defende casos que os jogos nunca mostraram: o velho amigo Larry Butz volta ao banco dos réus por homicídio, e o presidente de uma empresa de informática é acusado de matar um funcionário dentro da própria casa. Essa segunda investigação gira em torno de uma figura conhecida apenas como Spider Man, e no tribunal espera um promotor já conhecido. Este mangá traz julgamentos inéditos de Ace Attorney em vez de repetir os que o público já jogou.