O RX-0 Unicorn Gundam 03 Phenex desapareceu levando consigo Rita Bernal, uma das três crianças que ficaram conhecidas como Miracle Children. Em U.C. 0097 a máquina dourada reaparece, a Federação da Terra lança a operação Phoenix Hunt e envia atrás dela Jona Basta, que dividiu aquela fama com Michele Luio, enquanto Zoltan Akkanen persegue o mesmo alvo. Harutoshi Fukui e Kouzou Oomori montam este mangá como uma versão que se afasta do filme Mobile Suit Gundam Narrative.