Olympus, o refúgio tecnológico de que só ouviram falar, é o destino que Deunan Knute e Briareos perseguem enquanto vivem de trabalhos mercenários em uma Nova York arrasada. O armamento de Briareos garante abrigo aos dois junto a um prefeito ciborgue convencido de que uma invasão alienígena está próxima. Quando uma menina e o ciborgue que a protege chegam fugindo de mercenários cibernéticos melhor equipados, os ex-parceiros da SWAT assumem a tarefa de tirá-los da cidade. Este mangá narra a história de Appleseed Alpha, anterior ao Appleseed original.