Para ajudar Gusuke, um garoto-pássaro que surge de avião por um portal aberto no céu, a voltar para casa, Nobita e os amigos atravessam para Birdopia, o mundo dos seres alados. Antes disso, uma notícia sobre bandos de aves desaparecidos já tinha deixado Nobita obcecado em voar, a ponto de construir as próprias asas quando Doraemon se recusou a ajudar, e foi correndo atrás do canário fugido de Shizuka que ele viu o portal. Em Birdopia, quase todas as aves odeiam os humanos, e os soldados do comandante abutre Seagrid começam a caçá-los.