Escondido no armário de Nobita aparece Kukuru, um menino pré-histórico arrastado ao presente por um vórtice temporal, com a notícia de que sua tribo foi capturada pelo xamã Gigazombie. A essa altura, Nobita e os amigos já têm um lar secreto no passado. Cansado de descobrir que todo terreno tem dono, ele queria fugir de casa, e Shizuka, Gian, Suneo e até Doraemon quiseram ir junto, viajando 70 mil anos no tempo até um Japão ainda sem gente. Lá, Nobita misturou genes de animais e criou um dragão, um grifo e um pégaso.