Acusado de terrorismo sob falsas provas pela organização que um dia o empregou, Yuuji Kazami é preso enquanto a ameaça real continua solta: Heath Oslo e sua arma devastadora. Amane, Makina, Sachi, Yumiko e Michiru, as cinco alunas da Academia Mihama, se recusam a abandoná-lo e montam um plano de resgate, no mesmo momento em que Yuuji reencontra sua irmã desaparecida Kazuki. Esta terceira parte encerra a trilogia Grisaia.