Minato Sahashi reprueba dos veces el examen de ingreso a la universidad y, poco después, una chica llamada Musubi le cae literalmente encima desde el cielo. Ella es una Sekirei, uno de los 108 seres con superpoderes que el conglomerado farmacéutico MBI liberó en Tokio. Cada una debe vincularse con un humano, su Ashikabi, mediante un beso para desatar todo su poder y pelear contra las demás en el llamado Plan Sekirei. Musubi elige a Minato, y pronto su departamento se llena de Sekirei, entre ellas la manipuladora de agua Tsukiumi y la luchadora de telas Uzume, mientras el presidente de MBI, Minaka Hiroto, acelera la partida.