Mikoto Misaka, tercera esper de Nivel 5 en Ciudad Academia, descubre que unos investigadores clonaron su ADN veinte mil veces para crear a las Sisters. Los clones van cayendo uno a uno frente a Accelerator, el esper más poderoso de la ciudad, dentro de un experimento secreto llamado Proyecto Level 6 Shift. Decidida a desmantelarlo, Mikoto actúa por su cuenta mientras sus amigas Kuroko Shirai, Kazari Uiharu y Ruiko Saten intentan descubrir qué le ocurre. Segunda temporada que adapta el arco Sisters del manga original.