Visiones sin explicación y vacíos en su memoria de infancia persiguen a Yuki Cross cuando retorna a la Clase Nocturna de la Academia Cross. Zero Kiryu carga con la culpa de haber matado a la sangre pura Shizuka Hio y enfrenta el juicio del Consejo Vampírico, mientras Kaname Kuran maniobra en secreto para que Yuki no descubra una verdad sobre su propio linaje. Esta segunda temporada continúa directamente los eventos de la primera.