Ante la Fundación del Futuro, Makoto Naegi enfrenta un juicio por haber protegido a los Restos de la Desesperación. Antes de que se dicte un veredicto, un nuevo Monokuma sella el edificio y obliga a todos los presentes a un juego de muerte final. Cada participante carga con una acción prohibida secreta cuya violación es letal, y a Makoto le toca no correr por los pasillos. Este arco original del anime continúa los eventos de Danganronpa 2 y cierra la saga de Hope's Peak.