Edward Elric lleva dos años atrapado en el Múnich de 1923, estudiando cohetes junto a Alfons Heiderich mientras busca un camino de regreso a Amestris. Del otro lado de la Puerta, su hermano Alphonse, con el cuerpo restaurado pero sin recuerdos de lo ocurrido, intenta alcanzarlo por sus propios medios. La Sociedad Thule descubre la conexión de Edward con otro mundo que creen ser la mítica Shamballa y emprende un plan para abrir la Puerta. Esta película cierra la historia de la serie anime original de 2003.