Tres años después de la desaparición de Naruto Uzumaki y una falsificación de memorias que vuelve a la Aldea Oculta de la Hoja en su contra, Boruto Uzumaki opera como shinobi fugitivo. Declarado criminal por su propio hogar, combate desde las sombras contra Code, líder sobreviviente de la organización Kara, y una nueva amenaza en forma de clones Shinju, mientras intenta recuperar lo perdido.