En la ciudad amurallada de Glie, Rakka despierta dentro de un capullo en un edificio abandonado llamado Old Home, sin recuerdo alguno de su vida anterior. Le brotan pequeñas alas grises y recibe un halo: ahora es una Haibane, un ser alado que convive con los habitantes humanos de la ciudad. Reki, una Haibane mayor, la guía mientras Rakka se adapta a un lugar del que nadie puede salir; solo los silenciosos Toga cruzan las murallas para comerciar.