Huérfano desde niño, Riki Naoe encontró refugio en un grupo de amigos autodenominado Little Busters, liderado por Kyousuke Natsume. Ya en los últimos años de preparatoria, Kyousuke propone un proyecto final: armar un equipo de béisbol. Riki se encarga de reclutar nuevos miembros, reuniendo a cinco chicas — entre ellas Rin, hermana de Kyousuke, tímida con desconocidos pero de carácter fuerte — mientras el grupo busca una última aventura compartida antes de graduarse.