Huérfano desde niño, Riki Naoe encontró refugio en un grupo de amigos autodenominado Little Busters, liderado por Kyousuke Natsume. Ya en los últimos años de preparatoria, Kyousuke propone un proyecto final: armar un equipo de béisbol. Riki se encarga de reclutar y suma a compañeras como Komari Kamikita y Yuiko Kurugaya, mientras Rin, la hermana de Kyousuke, tímida con desconocidos pero de carácter fuerte, completa al grupo original que busca una última aventura antes de graduarse.