Magical Ruby, una varita mágica con voluntad propia, abandona a su dueña, la maga Rin Tohsaka, y engaña a Illyasviel von Einzbern — una niña de primaria fanática del anime de chicas mágicas — para que se convierta en una de verdad. Obligada por Rin a recolectar peligrosas Class Cards que contienen el poder de Heroic Spirits, Illya se encuentra con Miyu, una rival estoica que empuña la varita compañera Magical Sapphire tras ser abandonada por Luviagelita Edelfelt, rival de Rin.