Akane Tsunemori viaja a la Unión del Sudeste Asiático, un estado en guerra donde el Sistema Sibyl se implementa a modo de experimento, para dar con Shinya Kogami, su antiguo ejecutor convertido en fugitivo. Kogami entrena a combatientes de la resistencia local, y Akane se enfrenta a una decisión: capturarlo o cuestionar la expansión de Sibyl fuera de Japón. Esta película continúa directamente los eventos de la serie.