Clonado a partir del ADN del mítico Mew, Mewtwo despierta en un laboratorio y lo destruye al enterarse de que fue creado como un experimento. Desde su base en Isla Nueva, atrae a Ash Ketchum, Misty, Brock y otros entrenadores con una invitación del supuesto Maestro Pokémon más fuerte del mundo. Luego revela su plan: clonar a sus Pokémon y demostrar que los originales son inferiores a sus creaciones. El verdadero Mew aparece para responder al desafío justo cuando clones y originales se enfrentan.