La asesina transformista Golden Darkness, a quien todos llaman Yami, vuelve al pueblo de Rito Yuuki para investigar a fondo su propio origen. Allí descubre que Mea Kurosaki, su hermana menor artificial, está siendo manipulada en las sombras por la enigmática Nemesis. Tearju Lunatique, la científica que creó a las dos, ahora da clases en la escuela de Rito y sueña con formar con ellas la familia que nunca tuvieron. Mientras tanto, la princesa Momo Deviluke sigue impulsando su Plan Harem para coronar a Rito como rey del imperio Devilukean, y Haruna Sairenji, la chica que le gusta desde hace años, está cada vez más cerca de confesar lo que siente.