Takashi Natsume heredó de su abuela Reiko el Libro de los Amigos, donde quedaron sellados los nombres de los youkai que ella venció en vida. Uno por uno se los devuelve, siempre con su guardián Madara al lado, más conocido como Nyanko-sensei por la forma de gato de la suerte que adopta. Esta segunda temporada trae peticiones nuevas y amenazas distintas: junto a los espíritus que solo quieren su nombre aparecen otros que ambicionan el propio libro, mientras Natsume se afianza entre amigos humanos como Tanuma y Taki. La continuación retoma directamente la primera temporada.