Dos años después de la primera disolución de la Sección 9, la Mayor Motoko Kusanagi y su equipo vuelven al servicio bajo el jefe Aramaki, ahora para enfrentar la crisis de refugiados que sacude Japón. Unos tres millones de asiáticos desplazados por las guerras mundiales anteriores se hacinan en la isla artificial de Dejima, y una serie de atentados firmados por el Individual Eleven conecta ese malestar con el terrorismo. Siguiendo el caso, Kusanagi se topa con Hideo Kuze, exsoldado de cuerpo íntegramente protésico que empieza a hablar por los refugiados. Esta segunda temporada continúa directamente a Stand Alone Complex.