Dos años tras la derrota de Sephiroth, Cloud Strife se ha apartado de sus amigos y trabaja como mensajero mientras padece en silencio el Geostigma, una enfermedad incurable que se propaga entre los sobrevivientes del planeta. Cuando un trío de cabello plateado liderado por Kadaj empieza a secuestrar niños infectados cerca de las ruinas de Midgar en busca de su madre, Jenova, Cloud vuelve al combate junto a Tifa, Barret y sus antiguos aliados. Esta película de animación por computadora continúa la historia del videojuego Final Fantasy VII.