En la Era Cósmica, la guerra separa a los Coordinadores, mejorados genéticamente, de los Naturales, sin modificar. Kira Yamato, un Coordinador que lleva una vida tranquila en una escuela técnica de la colonia neutral Heliópolis, queda atrapado en el fuego cruzado cuando las fuerzas de ZAFT asaltan la estación para apoderarse de los nuevos mobile suits de la Alianza Terrestre. Para proteger a sus amigos sube al GAT-X105 Strike Gundam y termina enfrentándose a Athrun Zala, su amigo de la infancia, ahora piloto de ZAFT en el bando contrario.