Años después del FLCL original, Mabase tiene una nueva adolescente retraída: Hidomi Nishigori, que no espera nada de su vida gris y usa audífonos con orejas de gato que pasan de azul a rojo cuando está a punto de "desbordarse". Una mujer llamada Julia Jinyu la atropella, una maestra nueva llamada Haruko Haruhara aparece en su escuela y la guerra entre Medical Mechanica y la Fraternity vuelve a irrumpir en la vida cotidiana. Su compañero Ide queda arrastrado junto a ella a lo largo de seis episodios.