El SDF-1 Macross, reconstruido a partir de una nave alienígena que se estrelló en la Tierra diez años antes, despega en 2009. Su artillería dispara sola cuando aparece una flota de gigantes humanoides, los Zentradi, que lo confunden con una nave enemiga. Un salto espacial fallido lanza al Macross y a un trozo de la isla hasta el borde del sistema solar, con tripulación y civiles varados a bordo. Entre ellos, el piloto novato Hikaru Ichijo maneja el nuevo caza VF-1 Valkyrie y se cruza con Lynn Minmay, que sueña con ser idol, mientras la guerra los persigue.