Ambientada en 2034, dos años después de Stand Alone Complex 2nd GIG, la Sección de Seguridad Pública 9 es más grande y queda al mando de Togusa, mientras Motoko Kusanagi ha renunciado para llevar sus propias investigaciones. La Sección 9 abre un caso por una ola de suicidios entre refugiados de la República de Siak, un hilo que arrastra a Batou y a sus compañeros hacia un hacker de cerebros cibernéticos conocido solo como el Titiritero. Este especial de larga duración se sostiene por sí solo y continúa la trama de Stand Alone Complex.