A Tomoharu Natsume lo acompaña Misao, la amiga de la infancia que murió en el accidente aéreo que él apenas sobrevivió y que ahora está a su lado como fantasma. Su vida de estudiante de preparatoria se rompe cuando le dejan un baúl cerrado y aparece Kanade Takatsuki, una chica vestida de sacerdotisa, a reclamarlo: así queda metido en una guerra oculta por unas máquinas gigantes llamadas Asura Machina. Un contrato lo convierte en Asura Cryin' y a Misao en la Muñeca Funeraria que hace funcionar su máquina, mientras facciones rivales se acercan a lo que guarda el baúl.