En un Japón alternativo de la era Edo asolado por los Mushi, insectos gigantes que devoran gente, el joven samurái Jinbei Tsukishima llega a la capital. Va a ocupar el puesto que su padre herido ya no puede sostener en la Oficina del Magistrado de Insectos. Los demás integrantes de la unidad cazan Mushi con una técnica propia; Jinbei llega sin ninguna, solo con la promesa de proteger a cada habitante de Edo. Su primer día de servicio pone esa promesa frente a un insecto muy por encima de lo que cubría su entrenamiento.