Once jóvenes con habilidades poco comunes viajan a bordo de la nave flotante Norn rumbo a una organización llamada El Mundo, que mantiene la paz en la Tierra. Entre ellos están Koharu, capaz de invocar un fuego que apenas controla; Mikoto Kuga, que levanta las barreras que protegen la nave; y Nanami Shiranui, entrenada para borrar recuerdos. El viaje da un giro cuando Sorata Suzuhara, un niño de primaria arrastrado en el tiempo, aparece a bordo y los pasajeros empiezan a preguntarse qué quiere El Mundo de ellos.