Ya devuelta a la vida civil, Yoshika Miyafuji vuelve a la lucha cuando una colmena Neuroi nueva y enorme surge sobre Romagna, arrasa a los Neuroi que ya operaban en la zona y se apodera de Venezia. Con la veterana Mio Sakamoto y sus antiguas compañeras, Yoshika se suma al reactivado Ala Conjunta de Cazas 501 para sostener lo que queda del frente. Esta segunda temporada amplía la guerra contra los Neuroi.