Hitomi Kanzaki, una estudiante retraída que solo desea desaparecer, es transportada al mundo de Gaea, donde un grupo de rebeldes la toma por la figura profetizada capaz de despertar a Escaflowne, una máquina de guerra dormida. Mientras se acerca a Van Fanel, líder rebelde, Gaea sufre la conquista del Clan del Dragón Negro y su comandante Folken. Esta película recuenta la serie de TV Vision of Escaflowne como una historia independiente.