En 2065, la Tierra está dominada por los Phantoms, criaturas alienígenas fantasmales que matan al contacto absorbiendo el espíritu de los seres vivos y obligan a los sobrevivientes a refugiarse en ciudades bajo cúpula. La científica Aki Ross, ya infectada y con el tiempo en contra, trabaja con su mentor el doctor Sid para reunir ocho señales espirituales que, según ella, podrían neutralizar a los Phantoms. La apoyan el capitán Gray Edwards y su escuadrón Deep Eyes, mientras el general Hein impulsa una salida mucho más destructiva. Este largometraje fue la primera película de animación CG fotorrealista.