Iroha Tamaki desapareció tras el enfrentamiento con las Alas de los Magius, y Yachiyo Nanami se niega a darla por perdida: caza los Uwasa que infestan la ciudad de Kamihama para socavar los planes de los Magius. Mientras Yachiyo y Kuroe buscan la verdad, las preguntas que dejó la primera temporada sobre Ui, la hermana perdida de Iroha, y las chicas mágicas de la ciudad impulsan la trama. Esta segunda temporada continúa directamente la historia paralela de Magia Record.