Tenma Matsukaze vuelve de Okinawa y descubre que el fútbol ha desaparecido de la historia por obra de El Dorado, una organización del futuro decidida a borrar el deporte. Un chico llamado Fei Rune y un robot llamado Clark Wonderbot llegan a bordo de la Inazuma TM Caravan, una máquina del tiempo. Se suman a Tenma contra Alpha, el agente de El Dorado que está borrando el juego desde el pasado. Frenarlo obliga a seguir ese rastro hasta otras épocas. Esta segunda temporada de Inazuma Eleven GO lleva la saga de los torneos escolares a una pelea a través del tiempo por devolver el fútbol al mundo.