Todos a su alrededor aparecen plenamente humanos, pero Punpun Onodera, un niño japonés de lo más común, está dibujado como un pájaro caricaturesco simple. En la primaria se enamora de Aiko Tanaka, una compañera recién llegada a su clase, y arma alrededor de ella sus planes de futuro. En casa, el matrimonio de sus padres se deshace y un tío se muda con ellos para hacerse cargo de él. Los años que siguen llevan a Punpun de aquel primer amor a una adolescencia más dura, con una vida interior que corre muy por delante de lo que dice en voz alta.