Cuando su mejor amiga, Hotaru Imai, se va a un internado lejano en Tokio y se corta todo contacto entre ellas, Mikan Sakura, de diez años, se escapa sola a buscarla. Así llega a la Academia Alice, una escuela oculta para niños nacidos con poderes especiales llamados Alices, donde un profesor de nombre Narumi le dice que ella también tiene un Alice y la inscribe. Mientras se adapta entre compañeros con dones, Mikan empieza a intuir que la cara amable de la academia esconde reglas más duras y secretos enterrados.