A sus diez años, Mikan Sakura se queda destrozada cuando su mejor amiga, Hotaru Imai, se traslada a un internado lejano y le prohíben escribir a casa, así que se escapa sola para buscarla. Así descubre la Academia Alice, una escuela oculta para niños nacidos con poderes especiales llamados Alices, donde un profesor llamado Narumi le dice que ella también tiene un Alice y la inscribe. Mientras se adapta entre compañeros con dones, Mikan empieza a intuir que la cara amable de la academia esconde reglas más duras y secretos enterrados.