Al día siguiente no quedan cuerpos ni rastro del crimen: desde la ventanilla de un autobús, la artista marcial Sakura Sakurakouji vio a un chico de pie, ileso, sobre unas personas que ardían en llamas azules. Ese mismo chico aparece en su salón como alumno transferido, Rei Ougami, y se revela como el sexto Code:Breaker, un asesino al servicio de una organización secreta del gobierno que responde al mal con su fuego azul. Sakura no acepta ese lema de matar en nombre de la justicia y se pega a él, decidida a cambiar su forma de actuar.